Dedicato al prete ambrosiano e insegnante in Seminario, nelle sue vetrine si possono ammirare collezioni di fossili, rocce, minerali e animali, tra i quali il gigantesco coccodrillo del Nilo

Il Museo è intitolato ad Antonio Stoppani, come dicono la piccola lapide sulla porta di ingresso e il busto di Stoppani, scolpito da Francesco Wildt, collocato al centro della parete di sinistra. Antonio Stoppani (nato a Lecco nel 1824 e morto a Milano nel 1891), prete ambrosiano, insegnante in Seminario e successivamente a Pavia e Firenze, fu direttore del Museo Civico di Storia Naturale di Milano dal 1883. Fu apprezzato divulgatore soprattutto con l’opera Il bel paese (1875) che ebbe larga diffusione nelle scuole italiane.

Il Museo è formato da un grande locale di esposizione. Le vetrine sono 92 e comprendono quattro tipi di raccolte: zoologica con gli animali, paleontologica con i fossili, mineralogica e petrografica costituita da rocce.

Alcuni esemplari sono notevoli per interesse artistico o per curiosità: per esempio, tra gli animali, i gheppi (vetrina 22) che nidificavano sulla torre del Seminario, il nibbio reale (vetrina 21) catturato mentre ghermiva i pulcini presso le stalle del Seminario, il gigantesco coccodrillo nilotico di cinque metri; tra i fossili, i pesci, crostacei e rettili fossili del Mesozoico di Lombardia (vetrina 49 ss), e le testimonianze di attività umane preistoriche sul lago di Varese o in Sardegna (vetrina 79 ss).