A suo tempo soppressa e infine ripristinata nel 1893, la Facoltà Teologica è sempre stata legata al Seminario milanese, attiva nelle sue sedi, prima a Milano, poi a Venegono, la sede voluta da Pio XI, che dal 1930 accoglie liceali e teologi.

In ragione di una formazione non solo accademica ma anche pastorale, l’insegnamento si struttura in due percorsi parzialmente sovrapposti con la possibilità che i più meritevoli possano accedere a Baccalaureato, Licenza, Dottorato. Quando nel 1956 viene introdotto un anno di studio della filosofia propedeutico alla teologia, a Venegono questo viene connotato in senso anche spirituale, facendo salire in cattedra anche i direttori spirituali.

Mentre si celebra il Vaticano II, nell’arcivescovo Montini matura il desiderio di avvicinare la teologia anche a laici impegnati in un concreto apostolato. Spetta al card. Giovanni Colombo realizzare questa volontà del predecessore divenuto Papa: lungo il 1967 la Facoltà lascia il Seminario per Milano, affidata alla responsabilità dei vescovi di Lombardia, Piemonte e Triveneto.

Quando nel 1972 vengono approvati gli statuti della nuova Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale, la scuola del Seminario viene riconosciuta come sua Sezione Parallela. Nel frattempo l’anno propedeutico si è dilatato in un biennio di spiritualità vissuto a Saronno, al quale segue un triennio a Venegono. Nel 1989 la Chiesa italiana avverte la necessità di introdurre un sesto anno di formazione, rivolto ai diaconi prossimi all’ordinazione presbiterale Nel 1998 il biennio si trasferisce nella ristrutturata sede di San Pietro martire – un tempo Seminario ginnasiale – per poi raggiungere Venegono nel 2013. L’anno dopo il card. Angelo Scola approva una radicale revisione del regolamento della Sezione.